Despues de varias horas de busca que te busca, he dado con la solución a mi problema de XGL.
Hace dos dias me dio por incluir los repositorios de beerorkid y compiz.net para estar a la ultima, hecho esto y actualizados los paquetes pertinentes (a parte de la instalacion de cgwd , el nuevo decorador de ventanas para XGL) no conseguia ver los bordes de las ventanas. Repasé los archivos de configuracion una y otra vez y todo era correcto, habia aceleracion, el servidor de Xgl se levantaba correctamente, pero el cgwd no me mostraba los bordes de las ventanas.
La solucion? Esto:
gconftool-2 –recursive-unset /apps/compiz

Que hace? Deja «de serie» todas las configuraciones de compiz.
Por lo visto las nuevas actualizaciones no aceptan bien los valores antiguos, asi que hacemos un «reset» y listo.

Por cierto que el gcompizthemer es la leche 🙂